Infecciones bacterianas y patógenos relacionados en pacientes cubanos con virus de inmunodeficiencia humana, Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí, 2014-2017 / Bacterial infections and related pathogens in Cuban patients with human immunodeficiency virus,Pedro Kourí Institute of Tropical Medicine, 2014-2017

Introducción: Las enfermedades bacterianas representan una de las causas más importantes de morbilidad y mortalidad en los pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH). Ha este suceso se adicionan hoy las infecciones asociadas a los servicios sanitarios, escenario agravado por la aparición de bacterias con multirresistencia, las que impactan negativamente sobre la salud humana. Objetivo: Caracterizar las infecciones bacterianas en pacientes cubanos con el VIH, ingresados en el centro hospitalario del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí, entre enero de 2014 y diciembre del 2017. Métodos: Se realizó un estudio de corte transversal con componente analítico cuyo universo estuvo constituido por 538 pacientes seropositivos en VIH-1 con diagnóstico de infección bacteriana documentada por aislamiento microbiológico. Resultados: Las infecciones bacterianas a nivel de vías respiratorias en pacientes con VIH y CD4 ≤ 200 cel/mm3 resultaron los eventos más frecuentes. Se demostró la mayor positividad en muestras de hemocultivo y esputos bacteriológicos 40,1 por ciento y 36,1 por ciento respectivamente. El 69,7por ciento de los aislamientos evidenciaron infección asociada a la asistencia sanitaria revelando asociación estadísticamente significativa con factores de riesgo seleccionados (estadías hospitalarias prolongadas y uso de dispositivos), además con la presencia de infección por bacterias gramnegativas y estafilococos coagulasa positivo. Conclusiones: Las infecciones bacterianas son frecuentes en pacientes VIH con inmunodepresión severa y su causa principal son las neumonías. Existe alta incidencia de infección asociada a la asistencia sanitaria, las que muestran asociación estadísticamente significativa con las estadías hospitalarias prolongadas y el uso de dispositivos, también revelan asociación con aislamientos de bacterias gramnegativas y estafilococos coagulasa positivo(AU)

Introduction: Bacterial diseases are one of the most important causes of morbidity and mortality in patients infected with human immunodeficiency virus (HIV). To this event are added nowadays infections associated with health services, a scenario aggravated by the emergence of bacteria with multi-resistance, which negatively impact human health. Objective: Characterize bacterial infections in Cuban HIV patients, admitted to the hospital center of Pedro Kourí Institute of Tropical Medicine between January 2014 and December 2017. Methods: A cross-sectional study with analytical component was conducted consisting of 538 HIV-1 positive patients diagnosed with bacterial infection detected by microbiological isolation. Results: Bacterial infections at the airway level in patients with HIV and CD4≤ 200cel/mm3 were the most common events. The highest positivity was demonstrated in samples of blood culture and bacteriological sputus with 40.1 percent and 36.1 percent, respectively. 69.7 percent of isolations showed healthcare-associated infection revealing statistically significant association with selected risk factors (prolonged hospital stays and devices use), as well as infection with gram-negative bacteria and coagulase-positive staph. Conclusions: Bacterial infections are common in HIV patients with severe immunosuppression and pneumonia is its main cause. There is a high incidence of healthcare-associated infection, which shows statistically significant association with prolonged hospital stays and devices use, also reveal association with isolations of gram-negative bacteria and coagulase-positive staph(AU)

Detección de los genes de ß-lactamasas blaTEM, blaSHV y blaCTX-M en aislamientos de Escherichia coli comunitarios / Detection of ß-lactamase genes bla TEM, bla SHV and bla CTX-M in community isolates of Escherichia coli

A nivel mundial la resistencia a los antibióticos es un problema de salud pública, tanto en el ámbito hospitalario como en el comunitario. La producción de ß-lactamasas es el principal mecanismo de resistencia en enterobacterias y la mayoría de enzimas responsables pertenecen a las familias TEM, SHV y CTX-M. El objetivo de este estudio fue detectar los genes de ß-lactamasas blaTEM, blaSHV y blaCTX-M en cepas comunitarias de Escherichia coli productoras de BLEE aisladas de urocultivos de pacientes que acudieron al Laboratorio Clínico Popular de la Universidad de San Carlos de Guatemala en el año 2016. Se detectó la presencia de al menos uno de los genes en el 90% de los 79 aislamientos y un 53.2% presentó los tres genes. La frecuencia fue de 57% para blaCTX-M, 84% para bla SHV y 85% para blaTEM. La detección de los genes codificadores de las enzimas TEM-1, SHV-11, CTX-M15 y CTX-M55 corresponde a la primera caracterización molecular de aislamientos de E. coli productoras de BLEE en Guatemala y son importantes para entender su propagación en el ámbito comunitario. Los aislamientos de E. coli productoras de BLEE mostraron alta resistencia a ciprofloxacina y trimetoprim sulfametoxazol (78%) y bajos niveles de resistencia para fosfomicina (2.5%) y nitrofurantoina (7.6%). El 11.39% de las cepas presentó resistencia a un grupo de antibióticos no betalactámicos. Es importante establecer una vigilancia activa para la resistencia de estos antibióticos en cepas comunitarias ya que son la primera opción de tratamiento para cepas productoras de BLEE

Globally, resistance to antibiotics is a public health problem, both in the hospital and in the community environment. e production of ß-lactamases is the main mechanism of resistance in enterobacteria and usually the cause of resistance are the enzymes to the families TEM, SHV and CTX-M. e principal aim of this study was to detect - ß-lactamase genes blaTEM, blaSHV and blaCTX-M in community strains of ESBL-producing Escherichia coli isolated from urine cultures of patients attended in the Laboratorio Clínico Popular of the Universidad de San Carlos de Guatemala in 2016. At least, one of the genes was detected in 90% of the 79 isolates and in 53.2% of the isolates the three genes were detected. e frequency was 57% for blaCTX-M, 84% for blaSHV and 85% for blaTEM. e detection of the genes coding for TEM-1, SHV-11, CTX-M15 and CTX-M55 represent the first molecular characterization of ESBL-producing E. coli isolates in Guatemala and it is important to understand the spread of these strains at the community environment. e ESBL-producing E. coli isolates showed high resistance to ciprofloxacin and trimethoprim sulfamethoxazole (78%) and low resistance levels for fosfomycin (2.5%) and nitrofurantoin (7.6%). e 11.39% of the strains showed resistance to a group of non-beta-lactam antibiotics. It is important to establish an active surveillance for these antibiotics in community strains because they are the first line treatment for strains producing ESBL

The anti-candidal activity of Pelargonium graveolens essential oils against clinical isolates of Candida albicans

Objectives: Candida albicans as important opportunistic dimorphic fungi can cause the life threatening infections in humans. In this study, we evaluated the anticandidal activities of six samples of Pelargonium graveolens essential oils against 31 clinical isolates of C.albicans. Materials and methods: The anti-candidal activity was performed by disc diffusion and micro-broth dilution assays. The chemical compositions of essential oils were analyzed by Gas Chromatography (GC) apparatus. Results: P. graveolens essential oil samples with citronellol (7.7-43.7%) and geraniol (19.3-48.5%) showed the same anti-candidal activity in two different methods. There is no significant difference between the inhibition zone diameters (19.3-24.1 mm), and the MIC and MFC values (1.06-1.48 and 1.5-1.72 µl/ml) of essential oil samples with different percent of citronellol and geraniol. Conclusion: Therefore, P.graveolens essential oils can be used as anti-candidal agent for further studies.

Objetivos: Candida albicans es un importante hongo dimórfico oportunista que puede llegar a amenazar la vida de pacientes con inmunosupresión. En este estudio se evaluaron las actividades anti-Candida de seis muestras de aceites esenciales de Pelargonium graveolens contra 31 aislamientos clínicos de C. albicans. Materiales y métodos: La actividad anti-Candida se realizó por difusión en disco y ensayos de dilución micro-caldo. La composición química de los aceites esenciales se analizó mediante cromatografía de gases. Resultados: Las muestras de aceite esencial de P. graveolens con citronelol (7,7 a 43,7%) y geraniol (19,3 a 48,5%) mostraron la actividad anti-Candida en dos métodos diferentes. No hubo ninguna diferencia significativa entre los diámetros de la zona de inhibición (19,3-24,1 mm), y valores de MFC (1,06 a 1,48 y de 1,5 a 1,72 l / ml) de muestras de aceites esenciales con diferentes porcentajes de citronelol y geraniol. Conclusión: Los aceites esenciales de P.graveolens se pueden utilizar como agentes anti-Candida para estudios adicionales.

Un quinquenio de experiencia (2005-2010) con infecciones por Salmonella spp en un centro nacional de referencia en pediatría / A five-year experience with zoonotic Salmonella at a pediatric reference centre

Resumen Introducción: Salmonella sp puede causar infecciones asintomáticas, gastroenteritis, bacteriemia e infecciones focales como meningitis y osteomielitis. Objetivo: Describir aspectos microbiológicos y clínicos de las infecciones por Salmonella spp en niños en un hospital de referencia pediátrico Centro Hospitalario Pereira Rossell. Montevideo Uruguay. Material y Métodos: Estudio descriptivo y retrospectivo de pacientes en quienes se aislara Salmonella spp en el período 1 de enero de 2005 al 31 de diciembre de 2010. Resultados: Se aisló Salmonella spp en 46 niños menores de 15 años. Dieciocho eran menores de 2 años y 5 niños menores de tres meses. 24% de los pacientes presentaba factores de riesgo (infección por VIH; enfermedad hemato-oncológica, desnutrición) y co-morbilidades (bajo peso al nacer y neumonía). No hubo fallecidos. Los serotipos más frecuentes fueron: Typhimurium y Enteritidis. La mayoría de las cepas eran sensibles a ampicilina y cefalosporinas de tercera generación. Discusión: La presentación clínica predominante fue diarrea con sangre, no se presentaron brotes. Basados en los perfiles de susceptibilidad antimicrobiana, se pueden mantener las recomendaciones hasta el momento sugeridas. Conclusiones: Se debe tener en cuenta la infección por Salmonella sp en niños febriles con riesgo de enfermedad bacteriana invasora, con o sin focalidad.

Background: Salmonella can cause asymptomatic infections, diarrhea, bacteremia and focal infections such as meningitis and osteomyelitis. Aim: To describe clinical and microbiological aspects of infections by Salmonella spp. in children in a pediatric referral hospital: Centro Hospitalario Pereira Rossell, in Montevideo, Uruguay. Materials and Methods: Descriptive and retrospective study of 46 patients, from which Salmonella spp was isolated between January 1, 2005 and December 31, 2010. Results: Salmonella spp was isolated in 46 children younger than 15 years old. 18 were below 2 years old and 5 children below three months. 24% of the children had risk factors, such as HIV infection, oncological diseases and malnutrition; low birth weight and pneumonia were associated conditions. No deaths were reported. The serotypes more frequently found were: Typhimurium and Enteritidis. Most of the strains were susceptible to ampicillin and third generation of cephalosporins. Discussion: Diarrhea with blood was the predominant clinical presentation, and there were no outbreaks. Typhimurium and Enteritidis were the most common serotypes. Based on the profiles of susceptibility antimicrobial, we could maintain the same recommendations until the moment suggested. Conclusions: we must consider the Salmonella infection in febrile children under risk of an invasive bacterial disease, with or without focal infection.

Caracterización clinicoepidemiológica y microbiológica en úlceras corneales bacterianas y micóticas / Clinical, epidemiological and microbiological characterization of bacterial and mycotic ulcers

Objetivo: describir la asociación entre aspectos clinicoepidemiológicos y los resultados microbiológicos en pacientes con queratitis infecciosa ingresados en el Servicio de Córnea del Instituto Cubano de Oftalmología Ramón Pando Ferrer en el período 2010-2014. Métodos: se realizó un estudio observacional descriptivo, de corte transversal, de 39 ojos. Se estudiaron las variables edad, sexo, tiempo de evolución, tratamiento previo con antibióticos, factores predisponentes y concordancia del tratamiento empírico. Se utilizaron medidas de resumen para variables cualitativas y cuantitativas, prueba no paramétrica de probabilidad exacta de Fisher, prueba de Chi cuadrado de Pearson y Prueba U de Mann Whitney. Resultados: en los aislamientos de bacterias, el 42,3 por ciento de los pacientes eran menores de 30 años; 53,8 por ciento pertenecían al sexo femenino y el tiempo de evolución promedio fue de 7 días. Los factores predisponentes fueron: enfermedad ocular previa (23,1 %), uso de lentes de contacto (30,8 por ciento) y enfermedades sistémicas (11,5 por ciento). Los mayores de 69 años (46,5 por ciento), el sexo masculino (92,3 por ciento); el tiempo de evolución promedio de 14,5 días y el antecedente de traumatismo ocular no quirúrgico (15,4 por ciento) se observaron en aislamientos micóticos. La perforación corneal se produjo en el 7,7 por ciento de los crecimientos bacterianos; en crecimientos micóticos el 15,4 por ciento desarrolló descemetocele y el 23,1 por ciento perforación corneal. Se realizó queratoplastia penetrante en el 30,8 por ciento(AU) Conclusiones: los aislamientos bacterianos son más frecuentes en pacientes jóvenes, del sexo femenino y con antecedentes de enfermedad ocular previa y uso de lentes de contacto, mientras que la etiología micótica se produce en pacientes del sexo masculino, mayores de 60 años y con antecedentes de trauma corneal no quirúrgico

Objective: to describe the association of clinical and epidemiological aspects with the microbiological results of patients with infectious keratitis, who were admitted to the corneal service of "Ramon Pando Ferrer" Cuban Institute of Ophthalmology in the period of 2010 to 2014. Methods: cross-sectional, descriptive and observational study of 39 eyes. The analyzed variables were age, sex, time of progression, previous antibiotic treatment, predisposing factors and agreement of the empirical treatment. Summary measures for qualitative and quantitative variables; non-parametric Fisher´s exact probability test, Pearson´s Chi square test, and Mann Whitney's U test. Results: in the bacterial isolates, 42.3 percent of patients were younger than 30 years; 53.8 percent were females and average time of progression of disease was 7 days. The predisposing factors were previous eye disease (23.1 percent), use of contact lenses (30.8 percent) and systemic diseases (11.5 percent). Regarding mycotic isolates, patients aged over 69 years (46.5 percent), males (92.3 percent), average time of progression of 14.5 percent and history of non surgical ocular trauma (15.4 percent) predominated. The corneal perforation occurred in 7.7 percent of bacterial infection whereas 15.4 percent developed descemetocele and 23.1 percent corneal perforation in the mycotic infection group. Penetrating keratoplasty was performed in 30.8 percent of patients. Conclusions: bacterial isolates were more frequent in young female patients with a history of previous ocular diseases and contact lenses whereas mycotic etiology was more commonly observed in males over 60 years and history of non surgical corneal trauma(AU)

Utilidad de las herramientas moleculares para la identificación de Leptospira spp. en muestras humanas, animales y ambientales / Usefulness of molecular tools to identify Leptospira spp. in human, animal and environmental samples

Leptospirosis es una enfermedad zoonótica endémica de potencial epidémico que afecta la salud pública y la producción pecuaria alrededor del mundo. Su agente etiológico es una espiroqueta del género Leptospira, con 20 especies reportadas hasta el momento, son las más importantes Leptospira interrogans (patógena) y Leptospirabiflexa (saprófita). Esta bacteria se transmite mediante contacto directo o indirecto en especial con orinade animales infectados, es la transmisión por medio del agua una de las más importantes. En cuanto al diagnóstico se ha evidenciado que diversas pruebas moleculares tienen una alta especificidad y sensibilidad; sin embargo, el conocimiento de la epidemiología de la leptospirosis se ha basado principalmente en estudios serológicos que han utilizado la prueba de aglutinación microscópica que presenta debilidades en sus resultados e interpretación. El objetivo del presente artículo es presentar una revisión actualizada sobre la utilidad de las herramientas moleculares para la identificación de Leptospira spp. en muestras humanas, animales y ambientales. Se llevó a cabo una búsqueda de literaturaen diferentes bases de datos como Pubmed, Science Direct, SciELO, Scopus y Redalyc.Las publicaciones encontradas fueron artículos originales y de revisión, entre otros, publicados entre 1965 y 2014. Se determinó que las herramientas moleculares permiten una identificación directa, rápida, definitivay precisa del agente etiológico, apoyan el diagnóstico, aportan al conocimiento real de laprevalencia e incidencia de la enfermedad. Las herramientas moleculares permiten la identificación de nuevas especies a partir de aislamientos obtenidos de diversas fuentes y ayudan a orientar los programas de prevención y control de esta zoonosis(AU)

Leptospirosis is an endemic and potentially epidemic zoonosis affecting public health and livestock production worldwide. Its etiological agent is a spirochaete of the genus Leptospira, with 20 species reported to date, of which Leptospira interrogans (pathogenic) and Leptospira biflexa (saprophyte) are the most important. This bacterium is transmitted by direct or indirect contact with urine from infected animals, so water is one of the major transmission ways. Regarding diagnosis, many molecular tests have been evinced to have high specificity and sensitivity; however, knowledge on the epidemiology of leptospirosis has been based mainly on serological studies using the microscopic agglutination test, which has weaknesses in its results and interpretation. The aim of this article is to present an update review on the usefulness of molecular tools in the identification of Leptospira spp. in human, animal and environmental samples. A literature search was conducted in different databases such as PubMed, ScienceDirect, SciELO, Scopus and Redalyc. The publications found were original and review articles, among others, published between 1965 and 2014. It was found that the molecular tools allow direct, quick, definitive and precise identification of the etiologic agent, support the diagnosis, and contribute to real knowledge on the disease prevalence and incidence. Molecular tools enable the identification of new species isolates obtained from various sources and help guide prevention programs and control of this zoonosis(AU)

Characterization of Salmonella species from pork meat in Tolima, Colombia / Caracterización de las especies de Salmonella en carne porcina en Tolima, Colombia / Caracterização de espécies de Salmonella a partir de carne de porco em Tolima, Colômbia

Background: Salmonella is a Gram-negative bacterium and the principal cause of human gastroenteritis that originates from the consumption of animal products.Objective: to determine serotype and antibiotic resistance of Salmonella spp. isolated from pork meat and environmental samples in 6 slaughterhouses and 14 butcheries in Tolima, Colombia. Methods: slaughterhouses and butcheries were selected depending on their slaughter capacity and compliance with good manufacturing practices. Samples (n = 507) were taken from carcasses, the environment, and fomites (i.e., surfaces of knives, hooks, floor, siphons, work surfaces, and transport trucks), then cultured in Salmonella selective media. Following this, the isolated Salmonella spp. was identified using a conventional biochemical test and genus antiserum (Poli A + Vi). The Kauffman-Whyte scheme was used for serotyping and the agar diffusion method (Kirby-Bauer) was used to determine antibiotic sensitivity. Results:Manhattan, Derby, Typhimurium, Javiana, Muenster, Hvittingfoss, Sinsfort, Kattbus, and Saint Paul serotypes of Salmonella were isolated from both pork meat and environmental samples, being Derby the most common serotype. Salmonella isolates showed antibiotic multiresistance mainly to tetracycline, lincomycin and nalidixic acid. Conclusion: several Salmonella serotypes are present in slaughterhouses and meat samples from butcheries, and they show similar antibiotic resistance patterns. This work represents the first report on Salmonella serotypes in slaughterhouses and pork meat from butcheries in Tolima, Colombia.

Antecedentes: Salmonella es una bacteria Gram-negativa y la principal causa de gastroenteritis en humanos transmitida por consumo de alimentos de origen animal.Objective: determinar el serotipo y la resistencia antibiótica de Salmonella spp. aisladas de carne porcina y muestras ambientales en 6 plantas de beneficio y 14 expendios en Tolima, Colombia. Métodos:las plantas de beneficio y los expendios fueron seleccionados dependiendo del volumen de animales sacrificados y el establecimiento de las buenas prácticas de manufactura. Las muestras (n = 507) fueron tomadas de las carcasas, ambiente y fómites (i.e. superficie de cuchillos, ganchos, piso, sifones, mesones y camiones de transporte), cultivadas en medios de cultivo selectivos para Salmonella. Las Salmonella spp., aisladas fueron identificadas mediante purnas bioquímicas convencionales y antisuero de género (Poli A + Vi). La sero-tipificación fue llevada a cabo a través del esquema Kauffman-Whyte y la sensibilidad antibiótica a través del método de difusión en agar (Kirby-Bauer).. Resultados: fueron aislados los serotipos de Salmonella Manhattan, Derby, Typhimurium, Javiana, Muenster, Hvittingfoss, Sinsfort, Kattbus y Saint Paul tanto de carne porcina como muestras ambientales, siendo el serotipo Derby el más frecuente. Los aislamientos mostraron patrones de multi-resistencia antibiótica, principalmente a tetraciclina, lincomicina y ácido nalidíxico. Conclusión: diversos serotipos de Salmonella fueron aislados de muestras de plantas de beneficio y expendios de carne porcina y estos demostraron patrones similares de resistencia antibiótica. Este trabajo representa el primer reporte de serotipos de Salmonella en plantas de beneficio y expendios de carne porcina en Tolima, Colombia.

Antecedentes: a Salmonella é uma bactéria Gram-negativa e causa principal de gastroenterite humana transmitida por consumo de produtos de origem animal. Objetivo: determinar o serotipo e de resistência a antibióticos de Salmonella spp. isolada a partir de carne de porco e amostras ambientais em 6 frigoríficos e lojas 14 açougues em Tolima, Colômbia. Métodos: abatedouros e açougues foram selecionados de acordo com o volume de animais sacrificados eo estabelecimento de boas práticas de manufatura. As amostras (n = 507) foram retirados de cadáveres, meio ambiente e fômites (ou seja, superfícies de facas, ganchos, piso, sifões, mésons e caminhões de transporte), cultivadas em meios de cultura de Salmonella seletiva e a isolada Salmonella spp., foram identificados usando e anti-soro de teste género bioquímica convencional (Poli A + Vi). A sorotipagem foi realizada utilizando esquema de Kauffman-Whyte e teste de sensibilidade aos antibióticos foi feito pelo método de difusão em ágar (Kirby-Bauer). Resultados: ''o'' sorotipos de Salmonella de Manhattan,= o surotipos de Salmonella Derby, Typhimurium, Javiana, Muenster, Hvittingfoss, Sinsfort, Kattbus e Saint Paul foram isolados de ambas as carnes de porco e amostras ambientais, sendo o sorotipo Derby o mais frequente. Os isolados de Salmonella apresentaram padrões de multirresistência aos antibióticos, principalmente para tetraciclina, lincomicina e ácido nalidíxico. Conclusão: vários sorotipos de Salmonella estão presentes em matadouros e lojas amostras de carne de porco de talho e mostram padrões similares de resistência a antibióticos. Este trabalho representa o primeiro relato de sorotipos de Salmonella em abatedouros e açougues de carne de porco em Tolima, Colômbia.

Importancia del aislamiento y del rango de concentración de conidias en el efecto de Trichoderma asperellum sobre el crecimiento de plántulas de Solanum lycopersicum L / Importance of strain and concentration range of conidia in the effect of Trichoderma asperellum on the growth of tomato seedlings Solanum lycopersicum L

El crecimiento longitudinal de tallos y raíces fue investigado en plántulas de tomate (Solanum lycopersicum L), luego de la aplicación de cuatro aislamientos de Trichoderma asperellum: T25, T46, T84 y T109. Sólo la aplicación del aislamiento T109 causó un incremento significativo (p ≤ 0,05) del crecimiento longitudinal de tallos y raíces. El peso seco de las plántulas también fue estimulado desde la primera semana luego de la aplicación de T109. El crecimiento fue estimulado significativamente (p ≤ 0,05) por la aplicación de 105 y 106 conidias/ml, pero no lo fue por la aplicación de 104, 107 y 108 conidias/ml. Estos resultados indican que el estímulo del crecimiento producido por T. asperellum en plántulas de tomate, sólo ocurre con aislamientos particulares y un rangos de concentración específicos.

Longitudinal growth of shoot and roots was investigated in tomato seedlings (Solanum lycopersicum L) after application of four isolates of T. asperellum (T25, T46, T84 y T109). Only the isolate T109 caused a significant (p ≤ 0.05) increase of longitudinal growth of roots and shoots, and dry weight of seedlings was also stimulated from the first week after T109 application. The growth was significantly (p ≤ 0.05) stimulated by 105 and 106 conidia/ml, but it was not by 104, 107 and 108 conidia/ml. These results indicate that growth stimulus caused by T. asperellum in tomato seedlings, occurs only with specific isolates and at a specific concentration ranges.

Evolución clínica y de laboratorio de episodios de neutropenia febril en niños con cáncer, en un hospital de Colombia, período 2007-2009 / Clinical and laboratory evolution of the febrile neutropenia episodes in pediatric patients hospitalized in a Colombian hospital in 2007-2009

Introduction: Neutropenia is one of the most common complications in children with cancer, and it's the most important parameter to determine infection risk. In neutropenic patients the signs and symptoms could be scarce and in occasions fever could be the only symptom. For these reasons all patients with febrile neutropenia (FN) should be considered as if they had a possibly severe disease. Aim: To describe the clinical characteristics and laboratory parameters observed in cancer patients with FN attended at our hospital to perform a more rational management of this complication in the future. Patients and Methods: The clinical files accumulated during 36 months, belonging to patients aged 0 to 15 years that were hospitalized because of cancer and FN were reviewed. Results: In this series the source of fever was found in 48.6% of 105 NF episodes, and bacteria were isolated from blood or urine culture in 38%. The most frequent bacterial species recovered were methicillin susceptible S. aureus (20.8%) and ESBL negative E. coli (20.8%). Piperacillin/tazobactam was the most used first line antibiotic prescribed (87.6%) and meropenem was the second choice (18%). Granulocyte colony stimulating factor was used in 61.9% of the cases and episodes mortality rate was 6.7%. Conclusion: Clinical characteristics and bacteriological findings in our institution do not differ significantly from what has been described for pediatric cancer patients in other series.

Introducción: La neutropenia es una de las complicaciones más comunes en los niños con cáncer y el principal parámetro para determinar el riesgo de infección. Además, en estos pacientes los signos clínicos de infección pueden ser escasos y en ocasiones la fiebre es la única manifestación, por lo que todo paciente neutropénico y febril se debe manejar como si presentara una posible infección grave. Objetivo: Describir el comportamiento clínico y de laboratorio de los pacientes con neutropenia febril (NF) atendidos en nuestra institución para racionalizar el manejo futuro de esta complicación. Pacientes y Métodos : Se revisó los registros clínicos acumulados durante un período de 36 meses, de todos los pacientes de 0 a 15 años internados por cáncer y NF. Resultados: En este estudio se encontró el foco infeccioso en 48,6% de 105 episodios y se logró aislamiento bacteriano por hemocultivos y/o urocultivo en 38%. Las bacterias encontradas con mayor frecuencia fueron S. aureus sensible a meticilina (20,8%) y E. coli no productora de BLEE (20,8%). El antimicrobiano de primera línea más usado fue piperacilina/tazobactam (87,6%) y de segunda línea meropenem (18%). Se usó factor estimulante de colonias de granulocitos en 61,9% de los pacientes. La mortalidad asociada a estos episodios fue de 6,7%. Conclusión: Las características clínicas y hallazgos de laboratorio en nuestra institución no difieren mayormente de lo descrito en población pediátrica en otras series.

Caracterización morfológica de Acremonium sp. asociado a Neonectria fuckeliana en Pinus radiata en Chile / Morphological characterization of Acremonium-like asociated with Neonectria fuckeliana in Pinus radiata in Chile

En este estudio se realizaron los primeros aislamientos del estado asexual del patógeno Neonectria fuckeliana asociado a cancros o ®revirado del pino¼ en plantaciones de Pinus radiata. Se caracterizaron morfológicamente las cepas del sinanamorfo semejante a Verticillium (Acremonium), obtenidas en cultivo in vitro a partir de peritecios. El material para los aislamientos consistió en trozos de corteza de P. radiata con presencia de peritecios, colectados en Toltén, región de La Araucanía, lugar donde se realizó el primer reporte de N. fuckeliana en Chile. Se utilizaron diez cepas del semejante a Acremonium para la caracterización morfológica, mediciones de estructuras fúngicas, ritmo de crecimiento in vitro y morfología de las colonias. Las colonias presentaron un micelio flocoso y ralo de bordes blanquecinos e irregulares, destacándose tres tipos de colonias, blancas, naranjo oscura y naranjo claro. Taxonómicamente, las cepas coinciden con las estructuras mencionadas en la literatura, caracterizándose por la presencia de glioconidios. Las fialides midieron entre 7 – 78,4 x 1,4 - 4,9 ìm. Los conidios, de formas ovoides y algunas bicelulares, midieron entre 4,2 - 8,4 x 2,6 - 3,5 ìm. El ritmo de crecimiento in vitro fue lento, completando su desarrollo a los 19 días con un promedio de 71 +/- 0,3 mm de diámetro, a una tasa de crecimiento diario de 3,8 mm. Los resultados obtenidos hacen necesario futuros estudios de carácter molecular para analizar la variabilidad genética poblacional que puede presentarse en Chile.

First Neonectria fuckeliana isolates in Chile. Strains of Acremonium obtained from in vitro peritecia culture were morphologically characterized. The samples were collected in Toltén, La Araucanía region, were Neonectria fuckeliana was first reported in Chile. The material used for the isolation came from pieces of Pinus radiata bark with peritecia. Ten Acremonium-like strains were used for characterization of fungal structures, in vitro growth and strains morphology. The colonies were a floccose mycelium and thin edges whitish and irregular, varying color highlighting three types of strains, white, dark orange and pale orange. Taxonomically, the strains match the structures referred in the literature, characterized by the presence of gliospores. The phialides dimensions ranged from 7 to 7.8 ìm long and 1.4 to 4.9 ìm wide. The conidio of ovoid shapes and some bicelular measured between 4.2 to 8.4 ìm in length and width 2.6 and 3.5 ìm. In vitro growth rates were slow, the complete development take19 days with a daily growth average of 71 +/-3 mm in diameter, at a rate of 3.8 mm. It is necessary future molecular studies to analyze the population genetic variation that may occur in Chile.

De genes de toxinas pirogénicas y toxinas exfoliativas en aislamientos clínicos de staphylococcus aureus en colombia

Introducción: staphylococcus aureus está asociado con graves enfermedades sistémicas causadas por superantígenos (toxinas pirogénicas y exfoliativas). Métodos: 100 aislamientos clínicos de S. aureus se identificaron por método automatizado y PCR, la prevalencia de genes de superantígenos por PCR múltiple y las correlaciones mediante la prueba exacta de Fischer. Resultados: en 38 aislamientos se observó que la prevalencia de los genes de enterotoxinas, toxina del síndrome de choque tóxico y toxinas exfoliativas fue 44%, 7% y 4%, respectivamente. La única correlación significativa (p = 0,045) fue entre la presencia de los genes de superantígenos y los aislamientos hospitalarios. Conclusiones: existe una alta prevalencia de genes de enterotoxinas y una baja de genes de toxinas exfoliativas y del síndrome de choque tóxico en aislamientos de S. aureus en esta población. Esta es la primera investigación que presenta datos de prevalencia de superantígenos en Colombia, y proporciona nueva información para América Latina.

Introduction: staphylococcus aureus is associated with serious systematic diseases caused by super antigens (pyogenic and exfoliating toxins). Methods: 100 clinical isolations for S. Aureus were identified by automatic methods and PCR, the prevalence of super antigen genes by multiple PCR and the correlations thru the Fischer exact test. Results: 38 isolation cases were observed and the prevalence of the enterotoxin genes, toxins of the syndrome of toxic shock and exfoliating toxins was 44%, 7% and 4% respectively. The only significant correlation found (p=0.045) was between the presence of the super antigen genes and the clinical isolations. Conclussion: there is a high prevalence of enterotoxin genes and a low prevalence of exfoliating genes and the syndrome of toxic shock in isolation of S.Aureus in this population. This is the first investigation that yields data of prevalence of super antigens in Colombia and provides new information for Latin America.

Introdução: staphylococcus aureus está associado a graves enfermidades sistêmicas causadas por superantígenos (toxinas pirogênicas e esfoliativas). Métodos: cem isolamentos clínicos de S. aureus foram identificados por método automatizado e PCR, a prevalência de penas de superantígenos por PCR múltiplos e correlações mediante a prova exata de Fischer. Resultados: em 38 isolamentos observou-se que a prevalência dos genes de en-terotoxinas, toxina da síndrome de choque tóxico e toxinas esfoliativas foi 44%, 7% e 4%, respectivamente. A única correlação significativa (p = 0,045) foi entre a presença dos genes de superantígenos e os isolamentos hospitalares. Conclusões: existe uma alta prevalência de genes de enterotoxinas e uma baixa de genes de toxinas esfoliativas e da síndrome do choque tóxico em isolamento de S. aureus nessa população. Esta é a primeira pesquisa que apresenta dados de prevalência de superantígenos na Colômbia e propicia nova informação para América Latina.

Evaluación del medio cromogénico CromoCen® ENT para el diagnóstico clínico de Enterococcus / Assessment of the CromoCen ENT® chromogenic medium for clinical diagnosis of Enterococcus species

Introducción: la frecuente incidencia de Enterococcus en los hospitales y su creciente resistencia antimicrobiana a nivel mundial, ha incrementado la necesidad de su vigilancia y control intrahospitalario, por lo que resulta imprescindible contar con medios diagnósticos más sensibles y exactos. Objetivo: ampliar la evaluación de la funcionalidad del medio cromogénico CromoCen® ENT para el aislamiento e identificación de Enterococcus spp. procedentes de muestras clínicas. Métodos: se analizaron 150 muestras clínicas (orina, sangre, fecales, exudados vaginales, exudados de lesiones de piel y de catéteres) desde enero hasta abril de 2010, empleando el medio cromogénico y los medios convencionales correspondientes como controles, se evaluó la incidencia de Enterococcus spp. Se identificaron los aislamientos con un conjunto de 12 pruebas bioquímicas. A partir de los datos de la identificación bioquímica se determinaron los indicadores de calidad tanto para el medio CromoCen® ENT como para los medios de referencia. Resultados: el medio cromogénico promovió el crecimiento de Enterococcus spp. en solo 24 h, lo cual permitió su fácil reconocimiento por la coloración rosada de las colonias. Los indicadores de calidad diagnóstico mostraron valores superiores a 95 %. El mayor porcentaje de aislamientos se obtuvo en las muestras de orina. Enterococcus faecalis resultó la especie mayormente encontrada en el total de las muestras. Conclusiones: CromoCen® ENT permitió la correcta y rápida identificación de Enterococcus spp. procedentes de diversas muestras clínicas.

Introduction: the frequent incidence of Enterococci at hospitals and their growing antimicrobial resistance worldwide make the in-hospital surveillance and control a pressing need; consequently, it is indispensable to avail of more sensitive and accurate diagnostic means. Objective: to broaden the evaluation of functionality of CromoCen® ENT chromogenic medium for the isolation and identification of Enterococcus spp. from clinical samples. Methods: one hundred and fifty clinical samples were analyzed (urine, blood, feces, vaginal smears, skin lesion exudates and exudates from catheters) in the January-April period, 2010 by using the chromogenic medium and the corresponding conventional culture media as controls; the incidence of Enterococcus spp was evaluated. The isolations were identified with 12 biochemical tests. From the biochemical identification data, it was possible to determine the quality indicators for both CromoCen® ENT and the reference media. Results: the chromogenic medium encouraged the growth of Enterococcus species in 24 hours, allowing their easy recognition due to the pink coloration of the colonies. The diagnostic quality indicator values were over 95 %. The highest percentage of isolates was observed in the urine samples. Enterococcus faecalis was the mostly found species. Conclusions: CromoCen® ENT allowed quick and accurate identification of Enterococcus spp. from various clinical samples.

Comportamiento de los principales antibióticos usados en avicultura frente a cepas respiratorias de e. colien pollos de engorde del municipio de Floridablanca (Santander-Colombia) / Behavior of the most common antibiotics used in aviculture against respiratory strains of E. coli in broiler chiken of municipality of Floridablanca (Santander-Colombia)

El propósito de este estudio fue contribuir con información sobre el comportamiento de los antibióticos frente a cepas respiratorias de E. coli, utilizadas en la avicultura. Con una muestra representativa de cinco aves por galpón se realizaron cultivos y antibiogramas para los 5 antibióticos más utilizados en avicultura: Enrofloxacina, Norfloxacina, Ciprofloxacina, Fosfomicina y Trimetoprim-sulfametoxazol. Se realizaron 511 aislamientos bacterianos mediante hisopados traqueales en pollos de engorde de 3 a 5 semanas de edad con sintomatología respiratoria, dando como resultado que el 88,7% de los aislamientos correspondían a cepas de E. coli, y el 11,3% restante a otras bacterias, al realizárcele antibiogramas a los aislamientos de E. coli, se encontró que el 42,1% fue resistente a Ciprofloxacina, el 46,4% a Norfloxacina, el 62,5% a Enrofloxacina, el 66,9% a la Fosfomicina y el 78,1% para Trimetoprimsulfametoxazol. Del total de aislamientos de cepas de E. coli, el 78% se consideraron como multirresistentes al presentar resistencia a más de 1antibiótico; además, el 23,8% de las muestras presentaron resistencia a los 5 antibióticos en estudio dejando estos casos sin posibilidad de tratamiento, mientras sólo un 2,3% de los casos tuvo sensibilidad a todos estos.

The intention of this study is to contribute with information about the behavior of antibiotics to respiratory strains of E. coli, used in poultry production. With a representative sample of five birds by shed, cultures and antibiograms were made for the 5 most commonly used antibiotics in poultry production: Enrofloxacine, Norfloxacine, Ciprofloxacine, Phosphomicine and Trimetoprim-sulphametoxazol. 511 bacterial isolates were made by means of cotton tracheal swap in broiler chickens of 3 to 5 weeks of age with respiratory symptoms. As a result, 88.7% of the isolates corresponded to E. coli stocks, and the remaining 11.3% to other bacteria. When carrying out the antibiograms on E. coli isolates, the findings show that 42.1% were resistant to Ciprofloxacine, followed by Norfloxacine with 46.4%, Enrofloxacine with 62.5%, Phosphomicine with 66.9%, and 78.1% to Trimethoprim-sulphamethoxazol. Of all the isolates of E. coli, 78% were considered as being resistant to more than one antibiotic. Additionally, 23.8% of the samples showed resistance to the 5 antibiotics under study, which eliminated any possibility of treatment, while just 2.3% of the cases presented sensitivity to all the antibiotics.

Aislamiento y susceptibilidad de especies bacterianas sin reporte previo como causantes de infección ocular en segmento anterior / Isolation and susceptibility in bacterial species without a Previous report as the cause of eye infection in the anterior Segment

A nivel ocular, gran cantidad de microorganismo generan infección; la falta de cultivos bacteriológicos en la práctica oftalmológica, puede conllevar a un subregistro de los agentes etiológicos bacterianos causantes de las infecciones extra oculares, debido a que estos no se identifican. En este artículo se reportan seis especies bacterianas aisladas de pacientes con infección extra ocular, algunas sin reporte previo; se relaciona el diagnostico clínico presuntivo y la susceptibilidad encontrada frente a los antibióticos comúnmente utilizados en el campo oftalmológico. Para esto se evaluaron bacteriológicamente 286 muestras oculares, de pacientes con diagnostico clínico de conjuntivitis, se realizó coloración de Gram, cultivos bacterianos y pruebas de susceptibilidad. El análisis estadístico se realizó en los programas EPI-INFO y ESTATA 6,0. De los 286 cultivos realizados se aislaron 177 microorganismos, de los cuales se identificaron 6 géneros microbianos, poco asociados a infecciones del segmento anterior algunos sin reporte previo en la literatura, Enterococcus (n=6) y S. Grupo D no enterococo (n=3), Alcaligenes feacalis (n=3), Citrobacter sp (n=2), Kluyvcra ascorbata (n=2) y Chryseobacterium meningosepticum (n=1). Con respecto a la resistencia, Trimethoprim Sulfamethoxazole (SXT), Cephalothin (CF) y Tobramicina (NN) fueron los antibióticos frente a los cuales se observó una mayor resistencia. A partir de los resultados obtenidos se hace necesario implementar cultivos y antibiogramas en la práctica oftálmica con el fin de identificar y documentar estos microorganismos, y poder relacionarlos, según su frecuencia, con diversas patologías oculares, que además de determinar la implicación definitiva como patógenos oculares también contribuya al estudio de los cambios en la epidemiologia de las infecciones, y al monitoreo de las variaciones en la sensibilidad y resistencia bacteriana.

A great number of microorganisms produce infections in the eyes. The lack of bacteriologiccultures in the ophthalmic practice may lead to anunder registration of bacterial etiological agentswhich cause infections outside the eyes, due to theyare not identified. This article reports six isolatedbacterial species in patients with infections outsidethe eyes, some without previous report; and it alsomentions the presumptive clinic diagnosis and thesusceptibility found in front of the commonly usedantibiotics in the ophthalmic field. 286 eye sampleswere bacteriologically evaluated from patients witha clinic diagnosis of conjunctivitis; Gram coloration,bacterial cultures and susceptibility tests were made.The statistical analysis was made in EPI-INFO andESTATA 6.0 programs. Out of the 286 cultures, 177microorganisms were isolated, from which 6microbial genres were identified, not very associatedto infections in the anterior segment, some withoutany pervious report in literature, Enterococcus(n=6), S.Group D no enterococcus (n=3), Alcaligenesfeacalis (n=3), Citrobacter sp (n=2), Kluyveraascorbata (n=2) and Chryseobacterium meningosepticum(n=1). Regarding resistance, Trimethroprimsulfamethoxazole (SXT), Cephalotin (CF), and Tobramicina(NN) were the antibiotics which organismspresented a higher resistance. Based on the results,it is necessary to implement cultures andantibiograms in the ophthalmic practice in order toidentify and document these microorganisms; to beable to relate them with different eye pathologies byits frequency; to determine the definite implicationas eye pathogens; and to contribute also to the studyof the changes in the epidemiology of infections andto the monitoring of sensibility variations andbacterial resistance.

Tipificación capsular mediante PCR de aislamientos de Haemophilus influenzae no tipificables por aglutinación / PCR-based capsular typing of Haemophilus influenzae isolates non-typeable by agglutination

Haemophilus influenzae es reconocido como un agente patógeno responsable de infecciones localizadas y sistémicas. Se han descrito 6 tipos de polisacáridos capsulares antigénicamente distintos (a, b, c, d, e, y f ) que se pueden identificar por aglutinación en lámina con antisueros específicos. También existen cepas no capsuladas (NC) fenotípicamente no tipificables (NT). La introducción de la vacuna conjugada produjo una marcada disminución de las enfermedades invasivas causadas por H. influenzae tipo b. En este contexto, la tipificación capsular mediante PCR es el método más apropiado para distinguir las cepas no capsuladas de las mutantes b deficientes en cápsula (b-) y detectar la presencia de cepas pertenecientes a otros serotipos que no puedan ser tipificables por aglutinación. Se determinó el genotipo capsular a 38 aislamientos de Haemophilus influenzae no tipificables por aglutinación, derivados al servicio de Bacteriología Clínica del INEI-ANLIS "Dr. Carlos G. Malbrán" en el período 2002-2004. El 78,9% de los aislamientos provenían de hemocultivos y la mayor parte de ellos estaban asociados a foco respiratorio. El 100% de los aislamientos fueron identificados como H. influenzae no capsulados mediante la técnica de PCR.

Haemophilus influenzae is recognized as a pathogenic agent responsible of localized and systemic infections. Six antigenically different capsular polysaccharide types have been described (a, b, c, d, e, and f ) which can be identified by slide agglutination with specific antisera. Besides there are non capsulated strains that cannot be typed by slide agglutination. The introduction of the conjugated vaccine produced an important reduction of invasive diseases caused by H. influenzae type b. Capsular typing by PCR is the most appropriated method for distinguishing non capsulated strains from capsule deficient type b mutants (b-) and for detecting strains of other serotypes that cannot be detected by slide agglutination. Capsular genotype was studied in 38 isolates of non-typeable Haemophilus influenzae received at INEIANLIS "Dr. Carlos G. Malbrán" between 2002-2004. Of the isolates included in this study 78.9% of them were recovered from blood cultures and most of them were associated with a respiratory focus. By PCR technique 100% of the isolates were identified as non-capsulate H. influenzae and genotype b-was not detected.

Perfil microbiologico de pacientes con patologia infecciosa del segmento anterior / Patient microbiological profile with infectious pathology of the previous segment

En esta investigación fueron evaluados 286 pacientes con patología infecciosa del segmento anterior y mediante estudio microbiológico se identificaron las bacterias asociadas con la infección. En 286 cultivos bacteriológicos realizados se obtuvieron 177 aislamientos, encontrándose un 73.45 por ciento de flora gran positiva siendo las especies más frecuentes S. Epidermidis 48.46 por ciento, S. Aureus (35.38 por ciento), S.Pneumoniae (4.61 por ciento) y Corynebacterium SP. (2.31 por ciento). El 26.55 por ciento correspondía a bacilos gran negativos de los cuales el 74.47 por ciento son enterobacterias y el 25.53 por ciento microorganismos no fermentados. El mayor porcentaje de aislamientos fue realizado en pacientes con conjuntivitis bacteriana, blefaritis bacteriana, conjuntivitis inespecífica y blefaritis inespecífica.

286 patients with infectious pathology in previous segment were studied and through a microbiological study the bacteria associated with the infection were identified. From the 286 bacteriological samples, 177 were isolated, and from these 73.45 percent of Gram positive flora being the most frequent species S. epidermidis (48.46 percent), S. aureus (35.38 percent), S. pneumonia (4.61 percent)and Corynebacterium sp. (2.31 percent). The 26.55 percent corresponded to Gram negative bacilli of which the 74.47 percent are enterobacterias and the 25.53 percent were non fermented microorganisms. The highest percentages of isolations were conducted in patient with bacterial conjunctivitis, bacterial blepharitis, unspecific conjunctivitis and unspecific blepharitis.Key words: ocular infection, Gram positives and Gram negatives bacterial, bacteriological isolations, S. epidermidis, S. aureus, S. pneumonia, Corynebacterium sp.